PRIME 综述工具中心

Review Tools Hub · 系统综述 / Meta / NMA / 伞状综述 / 叙述综述 的一站式集成入口

15 个工具已部署 · 最后验证 2026-09-10 02:12 CST
已部署工具
15
Python 3 + R 11 包
综述类型覆盖
5
系统/MA/NMA/伞状/叙述
meta-pipe 阶段
9
检索→写作全流程
活跃度 (24月内)
13/15
2 个 STALE 已标注
📚

系统综述 (Systematic Review)

结构化 PICO + 文献检索 + 筛选 + 数据提取 + 偏倚评估 + 合成。AI 主动学习辅助筛选。

  • meta-pipe · 9 阶段流水线OK
  • ASReview 3.0.8 · 主动学习筛选OK
  • revtools · R 去重/筛选OK
  • litsearchr · 关键词图 (STALE)STALE
检索入口 → meta-pipe 检索模块
📊

Meta 分析 (Pairwise MA)

两两比较的统计综合。森林图、漏斗图、异质性 I²、亚组分析、固定/随机效应模型。

  • metafor · 行业金标准 (100+ 模型)OK
  • meta · 通用 Meta 包OK
  • metaBLUE · BLUE 综合估计OK
  • metasens · 出版偏倚调整OK
metafor 文档 → R 文档
🕸️

网状 Meta (NMA)

多干预间接比较，频率学派 + 贝叶斯 + 网状图 + SUCRA 排名。

  • netmeta · NMA 频率学派金标准OK
  • crossnma · NMA + IPD 混合需 jags
netmeta GitHub → crossnma 仓库
☂️

伞状综述 (Umbrella Review)

系统综述之上的再综述，多 meta 综合 + 证据等级 + GRADE 评估。

  • meta-pipe · 9 阶段天然覆盖伞状OK
  • metasens · 多 MA 综合OK
MA 模块 → meta-pipe 仓库
📖

叙述综述 (Narrative Review)

非结构化、专家视角的文献综合。Quarto 出 Word/PDF。

  • meta-pipe ma-manuscript-quarto · 叙述综述 + QuartoOK
  • doctran · LLM 文档结构化STALE
Quarto 模块 →
📐

可视化与报告

PRISMA 流程图、偏倚风险图、文献计量。

  • PRISMA2020 · R PRISMA 图 (官方)OK
  • robvis · RoB2 / ROBINS-I 偏倚图OK
  • bibliometrix · 文献计量 BiblioshinyOK
PRISMA2020 → robvis 在线

🟢 部署验证日志

2026-09-10 02:12✓ meta-pipe venv 9 依赖 OK
2026-09-10 02:08✓ PRISMA2020 安装成功 (需 webp-devel)
2026-09-10 01:54✓ bibliometrix + revtools 安装成功 (需 poppler-cpp/gsl)
2026-09-10 01:22⚠ medrxivr 重装 OK
2026-09-10 01:17✗ crossnma 需 jags 系统库
2026-09-10 00:54✓ metafor + netmeta + meta + metaBLUE + metasens + robvis
2026-09-10 00:51✓ R 4.4.1 + ASReview 3.0.8 + pyalex 0.21
2026-09-09 23:30✓ 24 仓库活跃度真实验证 6 路径错误已修正
📚

系统综述工作流

PRISMA 2020 流程 + AI 主动学习 + 文献管理 + 偏倚评估。

① 文献检索

  • • meta-pipe/ma-search-bibliography: 9 阶段第 1-2 阶段，PubMed/Embase/Cochrane 检索
  • • litsearchr (STALE): R 关键词共现 + 检索式构建
  • • pyalex: OpenAlex 跨库免费检索
  • • medrxivr: bioRxiv/medRxiv preprint 检索

② 筛选 (AI 主动学习)

  • • ASReview 3.0.8: 主动学习筛选 (Utrecht 大学金标准)
  • • revtools: R 端 Zotero 替代 + 去重/筛选
  • • meta-pipe/ai_screen.py: AI 标题/摘要筛选
asreview lab # 启动 Web UI

③ 数据提取

  • • meta-pipe/ma-data-extraction: 9 阶段第 3 阶段，自动 + 人工
  • • doctran (STALE): LLM 文档转换
  • • extract_pdf_text.py: meta-pipe 内置 PDF 文本提取

④ 偏倚评估 + PRISMA 图

  • • robvis: Cochrane RoB 2 / ROBINS-I 偏倚图
  • • PRISMA2020: 官方 PRISMA 2020 流程图
  • • meta-pipe/ma-screening-quality: 9 阶段第 5 阶段
📊

Meta 分析工具集

从固定/随机效应模型到 BLUE 综合，从出版偏倚调整到异质性 I²，所有 R 包均已装在服务器。

Rscript -e 'pkgs <- c("metafor","netmeta","meta","metaBLUE","metasens","crossnma") for (p in pkgs) cat(sprintf("%-12s %s\n", p, ifelse(p %in% rownames(installed.packages()), "OK", "MISS")))'
metafor
100+ 模型
固定/随机/混合效应 · 森林图 · 漏斗图 · meta-regression
meta
通用
Schwarzer 第 4 版 · 用户友好 API
metaBLUE
BLUE
Best Linear Unbiased Estimation 综合
metasens
偏倚调整
Trim-and-Fill · Copas · PET-PEESE
crossnma
需 jags
NMA + IPD 混合 (TencentOS 无 jags)
netmeta
NMA
频率学派 NMA 金标准 (见 NMA tab)
🕸️

网状 Meta 分析 (NMA)

多干预间接比较，SUCRA 排名，网状图。需要 jags 系统库时改用 netmeta 频率学派方法。

netmeta (频率学派 NMA)

library(netmeta) data(Senn2013) net <- netmeta(TE, seTE, treat1, treat2, studlab, data=Senn2013) forest(net, reference.group="Placebo") netrank(net, small.values="desirable") # SUCRA 排名 netsplit(net) # 节点分裂检验

crossnma (NMA + IPD, 贝叶斯)

⚠️ 需要 jags 系统库 (jags.pc)，TencentOS Server 4.4 (RHEL 9 clone) 仓库无此包。 替代方案：用 netmeta (频率学派) 或换 OS 到 Ubuntu/Debian。

☂️

伞状综述 (Umbrella)

多 MA 再综合，证据等级 GRADE。

  • meta-pipe · 9 阶段流水线OK
  • metasens · 多 MA 综合OK
MA 模块 →
📖

叙述综述 (Narrative)

专家视角，Quarto 出 Word/PDF。

  • meta-pipe ma-manuscript-quartoOK
  • doctran · LLM 文档STALE
Quarto →
🧬

Scoping Review

范围综述，绘制证据图谱。

  • meta-pipe ma-search-bibliographyOK
  • bibliometrix BiblioshinyOK
Biblioshiny →

meta-pipe 9 阶段流水线

从研究问题到稿件的全流程，每个阶段都对应一个 Python 工具模块。

STAGE 1
检索
ma-search-bibliography
STAGE 2
筛选
ma-screening-quality
STAGE 3
数据提取
ma-data-extraction
STAGE 4
MA 统计
ma-meta-analysis
STAGE 5
NMA
ma-network-meta-analysis
STAGE 6
全文管理
ma-fulltext-management
STAGE 7
同行评审
ma-peer-review
STAGE 8
出版质量
ma-publication-quality
STAGE 9
写作 (Quarto)
ma-manuscript-quarto

端到端启动

cd /opt/meta-pipe/tooling/python uv run python init_project.py --name my-meta-analysis # 编辑 projects/my-meta-analysis/TOPIC.txt uv run python project_status.py # 查看进度 uv run python smart_resume.py # 智能续跑
🤖

LLM 集成

DeepSeek V4-Flash 驱动每阶段的 AI 拆解 + 摘要 + 标题/摘要筛选。

cat /opt/meta-pipe/.env # 看 API key 配置
📋

PROSPERO 注册

自动生成 PROSPERO 系统综述注册方案。

uv run python generate_prospero_protocol.py

📂 我的项目

加载中…

⚡ 5 分钟上手

服务器上每个工具都可用，下面是几个常用入口。

1. 启动 ASReview Web UI

asreview lab # → http://127.0.0.1:5000

2. 启动 meta-pipe 新项目

cd /opt/meta-pipe/tooling/python uv run python init_project.py --name trauma-txa-2026 # 编辑 TOPIC.txt, 然后： uv run python smart_resume.py

3. 在 R 里跑 metafor

Rscript -e 'library(metafor); rma(yi, vi, data=dat)'

4. 在 R 里跑 netmeta NMA

Rscript -e 'library(netmeta); net <- netmeta(...); forest(net)'

5. OpenAlex 检索 (Python)

python3 -c " import pyalex pyalex.config.email = 'your-email@example.com' results = pyalex.Works().search('tranexamic acid trauma').get() print(len(results), 'works found') "

6. PRISMA 流程图

Rscript -e 'library(PRISMA2020); PRISMA_flow(...)'

7. 验证所有部署工具

bash /tmp/verify_repos_v2.sh # 活跃度 (月度跑) Rscript -e 'cat("R packages:", length(rownames(installed.packages())), "\n")' asreview --version python3 -c "import pyalex; print('pyalex', pyalex.__version__)"

📂 关键路径

/opt/meta-pipe/ # meta-pipe 主目录 (9 阶段) /opt/meta-pipe/tooling/python/ # Python 工具 (uv venv) /opt/meta-pipe/manuscript/ # Quarto 写作模板 /tmp/install_r_v9.log # R 包安装完整日志 /tmp/repo-verify-2026-09-10/ # 已 clone 的仓库 /opt/pubmed-monitor-clone/docs/patches/2026-09-10-review-tools-activity-verified.md # 活跃度报告

🚀 研究问题

📊 任务状态 空闲

🔄 流水线阶段

📜 实时日志

PRIME 综述工具中心 · 由 traumadatacenter.com 部署 · 2026-09-10

数据来源：git clone --depth 1 + GitHub API · 部署：meta-pipe / ASReview / 11 R 包 / 3 Python 包